„Tote begraben. … Den unberechenbaren Tod täglich vor Augen haben.“
RB 4,17.47

Beim Bau des Aufzuges im Gästehaus St. Gregor (Ender der 90er Jahre) und den archäologischen Ausgraben in den vergangenen Jahren kamen drei Skelette zum Vorschein. In der Kirche sind verschiedene Grabplatten in der Wand und auf dem Boden zu sehen. Diese Zeugnisse besagen, dass den Mönchen von Plankstetten die Kirche und der Kreuzgang als Begräbnisort dienten.

Der Mönche, der als erster in der neuen Gruft beigesetzt wurde, war P. Willibald Ran. Er starb am 11. April 1719. Die Gräber im ersten Gruftraum sind chronologisch angeordnet: Die ältesten Gräber befinden sich unten, die jüngsten oben. Eine Anzahl von Mönchen, die aufgrund der Säkularisation nicht im Kloster starben oder während in den beiden Kriegen fielen, sind außerhalb beerdigt worden.

1929/1930 wurde im Zuge der 800 Jahre Feier Plankstettens die Kirche durch das Presbyterium erweitert. Im Untergeschoß entstanden eine Gruft und eine Unterkirche. Während die Professmönche in einer Wandnische beerdigt werden, finden die Äbte im Boden ihre letzte Ruhestätte. Die Grablege für die Äbte wurde im Zuge der Generalsanierung erweitert.

Die Unterkirche wurde in jüngster Zeit im byzantinischen Stil ausgemalt. Im Chorraum hinter der Ikonostase ist der Himmel dargestellt: in ihm finden sich der Richterstuhl Christi (mit Tuch, Buch und Heiligen Geist), die Muttergottes mit Kind, die Erzengel, die sich ihr zuwenden und eine Schar von Evangelisten und Aposteln. Vor der Ikonostase ist der Kosmos dargestellt, über dem Jesus Christus als Pantokrator inmitten der Evangelisten und Engel herrscht. Sodann finden sich die zentralen Feste im Leben Jesu und seiner Mutter Maria (die Verkündigung des Herrn, die Geburt Mariens, die Heimsuchung, die Geburt Jesu, die Anbetung der Könige, die Darstellung im Tempel, die Taufe im Jordan, die Verklärung, die Auferweckung des Lazarus, der Tod Mariens, der Einzug in Jerusalem, das letzte Abendmahl, die Kreuzigung, der Abstieg zur Hölle, die Erscheinung vor Maria Magdalena, die Himmelfahrt Jesu, der reiche Fischzug, der ungläubige Thomas, das Pfingstfest). In Augenhöhe sehen sie Heilige der West- und Ostkirche.

In der Gruft findet der Mönch seine letzte Ruhe und kommt an sein Ziel: es ist die Gemeinschaft mit Christus und allen seinen Heiligen, die uns freudig erwarten.